VÍDEO: como funciona o sequenciamento genético do coronavírus na UFSM

data-filename="retriever" style="width: 100%;">Foto: Marcelo Oliveira (Especial/Diário)

Mutações são comuns aos vírus, e isso não é diferente ao Sars-CoV-2, causador da Covid-19. A preocupação, contudo, é pelo fato de que a cobertura vacinal neste caso ainda não é ampla, e há indefinição sobre as vacinas atuais terem garantias de proteção contra as variantes do coronavírus. A cepa mais temerária atualmente é a Delta, que tem três casos suspeitos sob investigação no Rio Grande do Sul. Há quase um mês, a Universidade Federal de Santa Maria (UFSM) trabalha com sequenciamento para identificações de mutações do coronavírus e integra a vigilância genômica estadual.

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RESUMO

• Há quase um mês, a UFSM trabalha no sequenciamento de amostras do coronavírus
• Nem todos os materiais genéticos positivos são analisados, mas apenas os que cumprem algum perfil específico
• A variante mais encontrada atualmente é a P.1, que teve origem em Manaus
• O sequenciamento auxilia a encontrar mutações do coronavírus que podem ser predominantes
• A partir do conhecimento de qual linhagem é mais encontrada, medidas de prevenção mais adequadas podem ser tomadas
• Se forem necessárias medidas mais restritivas, a prevenção é feita da mesma forma para o "vírus original", com isolamento

A ideia é que ainda em março do ano passado, quando a pandemia começou no Brasil, a universidade desenvolvesse esse serviço. Os esforços, porém, tiveram de ser dedicados aos diagnósticos de infecções. Depois, veio a participação da UFSM em duas pesquisas de vacinas (a de Oxford/AstraZeneca, já utilizada em campanha, e a promissora Clover). O sequenciamento de amostras começou em junho de 2021.

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COMO FUNCIONA
Todo o trabalho funciona em integração. Não são todas as amostras positivas que são analisadas na UFSM. Os perfis que vão ao sequenciamento são aqueles que já indicam característica de que a infecção não seja pelo coronavírus conhecido em março de 2020. Pacientes vacinados que precisaram de internação ou que estiveram em regiões de fronteiras, por exemplo, são casos com características mais próximas de infecções por variantes.

O trabalho de análise é feito no Laboratório de Bioinformática aplicada à Microbiologia Clínica, no Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Quem coordena o serviço é a professora Priscila de Arruda Trindade. Ela é especialista em doenças infecciosas e parasitárias.

Segundo a professora, as mutações são processos naturais dos vírus em geral. Porém, é necessário atenção especial para as chamadas "variantes de preocupação" (VOCs). Tratam-se de mudanças no coronavírus que, por carregarem mutações específicas, podem escapar da resposta imune e têm potencial de resistência aos anticorpos produzidos pelas vacinas:

- A gente tem pouco dado de sequenciamento em relação aos casos de infecções no país. Precisamos de mais para reconhecer a epidemiologia do vírus. Quando a gente conhece o genoma presente em uma população, vamos conseguir rastrear as mutações, mapear as cepas e entender como atuam os surtos ou quando uma linhagem se dissemina rapidamente.

PASSO A PASSO DO SEQUENCIAMENTO

• A amostra é coletada, em algum local de diagnóstico, e tem resultado positivo
• A vigilância municipal notifica e encaminha a amostra para a equipe da UFSM 
• No laboratório, o material genético chega em RNA, que é mais simples 
• O RNA é transformado em DNA, que, por sua vez, é copiado várias vezes
• Essa repetição é chamada de "biblioteca"
• A biblioteca passa por purificações e é atribuída a um código de barras
• Um software lê a biblioteca separando-a peça por peça (como um quebra-cabeças)
• Com isso, o programa indica a qual linhagem se refere aquela amostra
• Cada pedacinho tem uma peculiaridade, e, a partir da diferença entre ele que se identifica qual é tipo de variante

PERFIS SEQUENCIADOS

• Pacientes vacinados que precisarem de internação
  
• Pacientes com evolução atípica (início em menos de cinco dias de sintomas para Síndrome Respiratória Aguda Grave ou óbito)
• Pacientes oriundos de regiões fronteiriças ou do exterior
• Suspeitos de reinfecção
• Profissionais de saúde vacinados

O QUE É UMA VARIANTE

• As mutações do novo coronavírus ocorrem durante sua replicação
• É quando o produção de novas cópias de si pelo próprio vírus dentro de células de hospedeiros infectadas
• São mutações genéticas do novo coronavírus
• Por poderem ter uma melhor adaptação aos humanos, há variantes que preocupam os cientistas e órgãos de Saúde
• É o caso da variante Delta, que é mais contagiosa. Entretanto, ainda não se sabe o quanto mais fácil é a infecção em relação ao vírus "original"
• Os sintomas também podem variar a depender da variante
• No caso da Delta, é comum dor de cabeça (igual a outros coronavírus), mas dor de garganta e coriza são mais comum nesta mutação

AJUDA NA PANDEMIA
Identificar variantes é necessário para saber qual linhagem do coronavírus predomina. Por enquanto, a análise sobre as mutações atuais ainda não é avançada o suficiente para saber se são cobertas por todas as vacinas. Entretanto, entende-se que há casos de maior preocupação, como mencionado pela professora.

Quando uma variante "mais agressiva" é encontrada em grande quantidade, isso auxilia a tomar medidas de prevenção de maneira mais rápida.

- Se por acaso tivermos a Delta e detectarmos rapidamente, são instituídas as devidas medidas para evitar que essa variante se dissemine. Se não tivéssemos o sequenciamento, poderia demorar muito mais para fazer a detecção e tivéssemos mais casos - diz Priscila.

As restrições para evitar o contágio são as mesmas tomadas para quando o novo coronavírus surgiu. É necessário isolamento dos casos, monitoramento de contactantes e distanciamento social.

No caso do Rio Grande do Sul, cinco casos suspeitos de Delta são analisados na Fundação Oswaldo Cruz. Dois primeiros têm origem em Gramado e Santana do Livramento e terão o resultado hoje. Outros três são de Canoas, Esteio e Sapucaia do Sul. A previsão é que o resultado dos dois primeiros saia nesta sexta-feira. Uma medida já tomada pelo Estado, mesmo sem a confirmação, é a antecipação de segundas doses da vacina.